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Las investigaciones se realizaron diferentes agroecosistemas ubicados en la zona centro y sur del departamento del Valle del Cauca, Colombia, con el objetivo de evaluar los cambios en poblaciones de la mesobiota según manejo agronómico (agroecológico, transición y convencional). Para la extracción de la mesobiota se emplearon los embudos de Berlesse. Los resultados mostraron que la aplicación de los principios agroecológicos en estas fincas influyó fuertemente sobre la biota del suelo evaluada, debido a la mayor biodiversidad de los agroecosistemas y cobertura del suelo, incremento en los contenidos de materia orgánica, mayor ciclaje de nutrientes, aumento de las interacciones biológicas y fortalecimiento de redes tróficas, cambios que repercuten en mayor protección de su habitad y fuentes de alimento. Si bien, las condiciones de clima y características físicas y químicas del suelo influyeron en los grupos edáficos, se logró evidenciar que el manejo agroecológico y la humedad del suelo modularon la abundancia, diversidad y distribución de sus poblaciones, especialmente de colémbolos, ácaros, hormigas y coleópteros. Por el contrario, ácaros mesostigmata y algunas familias de hemípteros exhibieron mayor tolerancia a condiciones adversas.